Накатки на шейке не должно быть.
Но все пытаются делать, так как на моторах ЗМЗ она есть, либо просто нарезают резьбу с притупленными вершинами зубьев.
Зазор вкладыш шатуна/ коленчатый вал дожен быть в пределах 0,010 - 0,049. Скорей всего, эллипс 0.02 вообще не критично, попробуй и посмотришь...