Вообще сложно оценить состояние машины по одному-единственному параметру -- цене, по которой продают. 15 тысяч рублей -- это может быть очень хорошей ценой за нормальную машину (ну не знает продавец, сколько взять или не надо ему больше) или очень большими деньгами за хлам, основной ценностью которогоявляются документы и врезаная пару лет назад "магнитола с диском". Решать вам, исходя из состояния машины.
С одной стороны, просто так неродную коробку не ставят. Чаще всего и двигатель и ходовая тоже неродные. С другой -- в этом нет ничего страшного, не все доживает до наших дней в целости и сохранности. Так что заморачиваться по поводу переключения передач не на руле, а в полу, не стоит.
Если деньги не последние и машина не совсем хлам -- покупай. В крайнем случае будет источник запчастей для более удачного варианта.
Насчет "сложно ли найти коробку" все неоднозначно. Как повезет, может, у соседа в гараже новая лежит, он не знает, куда деть, а может, ради коробки придется еще одну машину купить.